Badan Pengelola Usaha yang selanjutnya disingkat BPU, adalah badan yang mempunyai tugas (1) melaksanakan pengembangan usaha dan (2) mengoptimalkan perolehan sumber-sumber pendanaan universitas untuk mendukung pelaksanaan penerapan pengelolaan keuangan badan layanan umum Universitas. Tugas dan fungsi BPU adalah sebagai berikut:
Oleh sebab itu, BPU akan ditumbuhkembangkan menjadi Holding Company seiring Universitas Sebelas Maret menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN-BH).