Badan Pengelola Usaha yang selanjutnya disingkat BPU, adalah badan yang mempunyai tugas (1) melaksanakan pengembangan usaha dan (2) mengoptimalkan perolehan sumber-sumber pendanaan universitas untuk mendukung pelaksanaan penerapan pengelolaan keuangan badan layanan umum Universitas. Tugas dan fungsi BPU adalah sebagai berikut:

  1. Pengelolaan, pengembangan dan mengkoordinasikan unit-unit usaha,
  2. Optimalisasi perolehan sumber-sumber pendanaan universitas untuk mendukung pelaksanaan penerapan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU) dengan tata kelola yang baik, transparan dan profesional.

Oleh sebab itu, BPU akan ditumbuhkembangkan menjadi Holding Company seiring Universitas Sebelas Maret menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN-BH).